W kile nabytej późnej kości podudzia, czaszki i obręczy barkowej stanowią najczęstszą lokalizację zmian swoistych. Trudno znaleźć wytłumaczenie, dlaczego akurat te, różniące się znacznie budową i obciążeniem, odcinki kośćca są najczęstszym terenem procesu kiłowego. W kości piszczelowej, rzadziej strzałkowej, występują wszystkie opisane powyżej postacie zmian kostnych, przy czym podany powyżej podział zmian na okostnowe, kostne i szpikowe często się zaciera. Niejednokrotnie stwierdza się zmiany dotyczące wszystkich warstw kości (panostitis). Podobnie jak w kile wrodzonej, tak i w nabytej wskutek procesu kiłowego dochodzi niekiedy do znacznego zniekształcenia podudzia. Bardzo często zmianom kostnym towarzyszą kilaki tkanek miękkich. W obrębie czaszki zmiany kiłowe najczęściej usadawiają się w jej przednim odcinku. Rzadziej występują zmiany w potylicy, a zmiany swoiste w kościach podstawy czaszki należą do zjawisk wyjątkowych. Zmiany okostnowe kości czaszki występują często, jednak częściej spotykane są zmiany dotyczące okostnej, tkanki kostnej i szpiku łącznie. Charakterystycznym zjawiskiem w przebiegu zmian kostnych czaszki jest skłonność do wytwarzania się martwaków. Niekiedy osiągają one bardzo znaczne rozmiary. Cechuje je przebieg przewlekły, bez zaburzeń stanu ogólnego, bez odczynu gorączkowego. Skóra pokrywająca martwaki może wykazywać obecność kilaków, lecz może również pozostawać nie zmieniona. Poza pokrywą czaszki również inne kości w skład jej wchodzące mogą być siedzibą późnych zmian w kile nabytej. Wielu autorów podkreśla często występowanie tych zmian w wyrostku zębodołowym szczęki górnej. W obrębie żuchwy (Sawicki) proces kiłowy może przybrać postać: 1) ograniczanego kilaka, 2) rozlanych zmian kilakowych, 3) zmian wytwórczych w postaci zgrubień kości lub wyrośli kostnych.