Kiła późna migdałków występuje bardzo rzadko, niemniej umiejscowienie to jest dość niebezpieczne (w przypadku kilaka) ze względu na bliskość dużych naczyń. W dawnym piśmiennictwie kazuistyka dotycząca późnych zmian kiłowych w obrębie jamy ustnej i nosogardła jest dość bogata. Opisywane są przypadki o lokalizacji niezwykłej lub o rzadkich zespołach objawów wywołanych kiłą. Np. Wohlwill obserwował przypadek zajęcia przez proces kiłowy przełyku, krtani, oskrzeli i płuca, powikłany przetoką przełykowo-tchawicową. Hufnagel opisał przypadek kiły utajonej III okresu z zespołem objawów tyreotoksykozy i myastenia gravis, w którym leczenie przeciwkiłowe dało pomyślny wynik leczniczy. W obrębie narządów płciowych męskich późne zmiany kiłowe występują stosunkowo rzadko w postaci albo nacieków kiłowych, albo kilaków. Bliznowacenie, jakie występuje po wygojeniu tych zmian, może czasami wywołać zaburzenia w krążeniu chłonki, co z kolei doprowadza do zastoju, przerostu tkanki łącznej i słoniowaciny. Jeszcze bardziej skąpa jest kazuistyka dotycząca narządów płciowych kobiecych (jajnik, macica, srom) oraz pęcherza.