Rokowanie w przypadkach zmian kostno-stawowych w przebiegu kiły wczesnej jest pomyślne. Zmiany chorobowe pod wpływem leczenia swoistego cofają się szybko, zwykle bez pozostawienia śladu. Jedyny wyjątek stanowią zmiany chorobowe w obrębie szpiku kości czaszki — są to jednak niezmiernie rzadkie przypadki kiły o złośliwym przebiegu. Zmiany kilakowe w większości przypadków poddają się leczeniu swoistemu. Najbardziej oporne są zmiany kilakowe w obrębie kości czaszki — zarówno jej pokryw, jak też kości jam czaszkowych. Przewlekłe i oporne są również przypadki zmian kilakowych przebiegające z wytworzeniem martwaków. Leczenie w przypadkach zmian kiłowych kości lub stawów ma na celu przede wszystkim zwalczenie zakażenia kiłowego ustroju i pokrywa się z ogólnie przyjętymi wytycznymi leczenia swoistego. Jedynie w nielicznych postaciach zmian kostno-stawowych leczenie ogólne kojarzy się z zabiegami miejscowymi.