Uogólnienie się zakażenia krętkiem bladym — już w pierwszym okresie — powoduje powstanie zmian zapalnych drobnych naczyń w wielu narządach wewnętrznych. Najczęściej w okresie spirochetemii powstają zmiany w vasa vasorum tętnicy głównej i naczyń wątroby, które są zupełnie nieuchwytne klinicznie. Jedyną wyraźną zmianą — mogącą wystąpić w tym okresie — jest powiększenie śledziony, rzadko towarzyszące uogólnionemu powiększeniu węzłów chłonnych. W drugim okresie obok zmian na skórze i błonach śluzowych występują czasami niecharakterystyczne zmiany w narządach wewnętrznych w postaci zapalenia wątroby, lekkiego zapalenia nerek z białkomoczem, wyjątkowo rzadko przechodzącego w nerczycę, oraz. zapalenia wielostawowego. Wszystkie te zmiany występują rzadko i w przeciwieństwie do typowych dla kiły zmian ektodermalnych zaburzenia w narządach wewnętrznych są niecharakterystyczne i nie wykazują żadnych typowych dla kiły objawów. Dopiero w okresie kiły późnej powstają typowe zmiany w różnych narządach wewnętrznych; najczęściej w tętnicy głównej, rzadziej dochodzi do rozlanych zmian śródmiąższowych, głównie w wątrobie, a najrzadziej występują kilaki o rozmaitym umiejscowieniu (w żołądku, odbytnicy, płucach, wątrobie, sercu, tętnicy głównej, w innych tętnicach oraz w mięśniach, stawach i kościach). Przy znacznej wielopostaciowości kiły późnej narządów wewnętrznych najczęściej zmiany kiłowe stwierdza się w układzie sercowo-naczyniowym, przy czym prawie wszystkie śmiertelne wypadki kiły są następstwem zajęcia albo układu sercowo-naczyniowego, albo układu nerwowego ośrodkowego.